Autor: Miguel

El 5 de abril de 2022, la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido (UKHSA) alertó a la Organización Mundial de la Salud (OMS) sobre el aumento de la incidencia de hepatitis aguda grave de causas desconocidas (no A-E) en niños previamente sanos, con síntomas de insuficiencia hepática que en algunos casos requirieron trasplante hepático. En julio de 2022, se notificaron 1296 casos en 37 países, con marcada tendencia poblacional. La hepatitis aguda de causa desconocida no es un fenómeno excepcional: de hecho, representa más del 30% de los casos de hepatitis aguda en niños, sin embargo, en el presente caso sorprendió y alarmó la gran proporción de casos graves (6% de trasplantes hepáticos y casi un 3% de mortalidad). Desde entonces se han propuesto múltiples hipótesis para explicar la etiología de una proporción tan alta de hepatitis aguda, incluida su coexistencia en el contexto de la pandemia de COVID-19. Una revisión exhaustiva de los estudios proponía que la causa más probable fuese una relación entre adenovirus humanos o adenovirus asociados y en concreto el adenovirus asociado tipo 2 (AAV2), con la posible intervención de una infección por SARS-CoV-2.

Se acaba de publicar un paper en Nature, en el que utilizando la secuenciación masiva mediante metagenómica y target enrichment, se propone que la hepatitis aguda severa pediátrica está causada por el Adenovirus asociado tipo 2 (AASV2) además de la co-infección por un Adenovirus Humano (HAdV) o la reactivación de HAdV o human herpesvirus 6 (HHV6) que actuarían como virus helper. El AAV2 es un virus de DNA de cadena sencilla de 4675 nucleótidos de la familia Parvoviridae género Dependoparvovirus que requiere de la infección de otro virus helper para poderse replicar.

Este estudio descarta un link directo entre COVID-19 y el brote de hepatitis aguda severa, y añade un factor clave para entender la mayor susceptibilidad a la hepatitis aguda, como es el presentar un HLA-clase II (HLA-DRB1*04:01).

Este estudio abre las puertas a estudios retrospectivos de AAV2 y HLA en casos pediátricos de hepatitis noA-noE inexplicadas.

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05948-2

Francisco Rodriguez-Frias^1,2,3, Ariadna Rando-Segura⁴, Josep Quer^2,5,

¹ Clinical Chemistry Research group. Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Vall d’Hebron Barcelona Hospital Campus, Barcelona, Spain.

² Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain

³ Department of Basic Sciences, Universitat Internacional de Catalunya, Sant Cugat del Vallès, Barcelona, Spain

⁴ Microbiology Department. Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Vall d’Hebron Barcelona Hospital Campus, Barcelona, Spain.

⁵ Liver Diseases-Viral Hepatitis, Liver Unit, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Vall d’Hebron Barcelona Hospital Campus, Barcelona, Spain

Nota de Premsa – 03/03/2023

El grupo de investigación del Vall d’Hebron Institut de Recerca liderado por el Dr. Josep Quer en colaboración con el grupo de virus respiratorios liderados por el Dr. Andrés Antón, descubren un mecanismo de evolución que utiliza el SARS-CoV-2 que le permite ser más transmisible. Estudiando las variantes desde el principio de la pandemia hasta hoy en día y centrándose en las variantes que han dominado cada una de la olas pandémicas. El equipo ha encontrado que, durante 2020, cuando la población humana carecía de memoria inmune contra SARS-CoV-2, las variantes mayoritarias generaban genomas defectivos. Estos genomas defectivos se ha publicado que atenúan la severidad de la infección. A principios de 2021, en una situación epidemiológica diferente puesto que una parte importante de la población había superado la infección o había recibido varias dosis vacunal y por tanto se contaba con una memoria inmunológica, las variantes que se seleccionaron Alpha, Beta y Delta dejaron de producir genomas defectivos, lo cual, defienden los investigadores, que les dio una ventaja para transmitirse más fácilmente en una situación en que la memoria inmune protegía de sufrir una infección grave.

Lo más sorprendente, fue comprobar que las primeras variantes de Omicron que desplazaron completamente a Delta (finales de 2021), volvían a presentar genomas defectivos. Esto refuerza los trabajos publicados de que Omicron no es una evolución desde Delta, sino que se parece más a las variantes de Junio/Julio de 2020 al inicio de la pandemia. La explicación que discuten los investigadores, es que Omicron se impuso a Delta por las 50-60 mutaciones que presenta a lo largo de su genoma y que le permiten concentrar la infección en el tracto respiratorio superior (nariz/cuello), de manera que se puede transmitir simplemente hablando o con una tos muy suave a diferencia de Alpha, Beta, Delta que infectaban tanto tracto respiratorio superior como inferior (pulmón). Este trabajo ha sido publicado en la revista Scientific Reports  Carolina Campos et al The frequency of defective genomes in Omicron differs from that of the Alpha, Beta and Delta variants. Sci Rep. 2022 Dec 29;12(1):22571. doi: 10.1038/s41598-022-24918-8. 

El posterior estudio con subvariantes de Omicron que han dominado la 7ª ola (BA.2, BA.5) revela un dato muy importante, y es que estas nuevas variantes vuelven a dejar de producir genomas defectivos, siguiendo el mismo patrón que se observó con el estudio de las variantes de 2020 y Alpha, Beta y Delta, demostrando que los genomas defectivos juegan un papel muy importante en la evolución del SARS-CoV-2.

El estudio ha sido financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación en Salud (DGRIS) del Departament de Salut, el CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC) y el CIBER de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBEREHD) del Instituto de Salud Carlos III, Gilead y el Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI) en colaboración con Roche Diagnostics.

PhD candidate (FPI fellowship)

 Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBMSO), Madrid

We are looking for a highly motivated PhD thesis candidate in Antonio Alcami´s laboratory.

We offer a 4-year Predoctoral contract linked to project PID2021-128580OB-I00.

Description of the project in the field of viral immune evasion:

Poxviruses, such as the viruses causing monkeypox or mousepox, have evolved numerous strategies to modulate different aspects of the host immune response. We study the molecular mechanisms of poxvirus secreted receptors for Interferon or TNF to neutralize the action of these proinflammatory cytokines, and other viral molecules that inhibit DNA sensing host responses. We use the mousepox model of infection to determine the impact of these viral immunomodulators on viral pathogenesis. This is a good opportunity to study viral evasion from the encoding gene to its impact on disease.

Requirements:

• Graduate in studies and a Master related to biomedical sciences: Biochemistry, Biology, Biotechnology.
• Academic record with average grade over 7.5.
• Research experience (TFG or TFM) in virology or immunology is desirable.
• Experience with animal models or an animal handling course is an advantage.
• Good communication skills in written and oral English will be essential.

 Our latest selected publications in this area:

Hernaez et al. (2023). The Lancet Microbe. Jan;4(1):e21-e28. (IF: 86.2).

Alvarez-de Miranda et al. (2021). Pathogens. 10, 1065. (IF:4.5).

Lopez-Muñoz et al (2021). Plos Pathogens. 17(8): e1009541. (IF:7).

Hernaez and Alcami (2020). Current Opinion in Immunology. (IF:7.5).

Alcami. (2020). Science. 369(6502):376-377. (IF:63).

Hernaez et al (2020). Science Advances. 6: eabb4565. (IF:14.1).

For more information:  @iviromics and www.cbm.uam.es/antonio_alcami

If you are interested send your CV, academic records and the name/contact address of 2-3 referees to Antonio Alcamí (aalcami@cbm.csic.es)

Contrato predoctoral FPI CSIC-INIA

Buscamos candidatos para un contrato predoctoral de 4 años de duración asociado al proyecto PID2021-122825OB

«Factores moleculares de restricción en la vía endocítica e interferencia global de los sistemas celulares por el virus de la Peste porcina africana»

del Programa de Generación de Conocimiento del Ministerio de Ciencia e Innovación en el Departamento de Biotecnología del INIA-CSIC, laboratorio de Interacción virus-célula.

Los objetivos del proyecto son el estudio global de las proteínas de interacción del VPPA y otros virus emergentes en las primeras fases de la infección. Estudiamos del control ejercido por los virus en las funciones y sistemas celulares usando proteómica, espectrometría de masas y screening con CRISPR/Cas. Comparamos dianas comunes a diversos virus altamente patógenos como el virus Ébola y SARS-CoV-2. La identificación de las dianas celulares cruciales para la infección, se utilizará para el desarrollo de moléculas antivirales.

Puedes encontrar publicaciones del grupo relacionadas:

• Cuesta-Geijo et al, 2022. New insights into the role of endosomal proteins for African swine fever virus infection Plos Pathogens 18: e1009784 IF 6.8 https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009784
• Garcia-Dorival et al, 2021. Identification of Niemann-Pick C1 protein as a potential novel SARS-CoV-2 intracellular target. Antiviral Research 194: 105167-77 IF 10  https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105167
• Lasala et al, 2021. Identification of putative inhibitors of protein- protein interaction useful to fight against Ebola and other highly pathogenic viruses Antiviral Research 186: 105011-5 IF 10. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105011
• Morales- Tenorio et al, 2021. Potential pharmacological strategies targeting the Niemann-Pick C1 receptor and Ebola virus glycoprotein interaction. European Journal of Medicinal Chemistry 223: 113654-113666. IF 6.51
• Barrado-Gil et al, 2021. African swine fever virus ubiquitin-conjugating enzyme is an immunomodulator targeting NF-κB activation Viruses13, 1160 IF 5.08 https://doi.org/10.3390/v13061160
• Galindo et al, 2021. Identification of putative inhibitors of protein- protein interaction useful to fight against Ebola and other highly pathogenic viruses. Antiviral Research 186: 104990 IF 10 https://doi.org/ 10.1016/j.antiviral.2020.104990

Requisitos:

• Titulación universitaria en Bioquímica, Biología, Biotecnología, Químicas, o ciencias de la salud: Veterinaria, Farmacia, Medicina, etc.
• Estar matriculado en un Master Universitario o poseer el título de Master.
• Tener experiencia en el laboratorio en técnicas de biología molecular, virología, cultivos celulares, etc.
• Dominio del idioma inglés conversacional y escrito.

Enviar el CV, certificado académico, y/o contactos de referencia, y/o carta de motivación a la directora de la tesis doctoral, Covadonga Alonso a la mayor brevedad.

El plazo de presentación de instancias para los candidatos, estará abierto del 12-26 de enero de 2023.

Contacto: Covadonga Alonso calonso@inia.csic.es

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PhD contract FPI fellowship

 We are seeking for candidates for a PhD contract for 4 years associated to the project PID2021-122825OB

The project focuses in a global study of the interactome of African swine fever virus (ASFV) and other emerging viruses of concern at early infection. We study how viruses manipulate cellular functions and systems using proteomics, mass spectrometry and CRISPR/Cas screening. We compare molecular targets that are shared by several highly pathogenic viruses as Ebola virus and SARS-CoV2. The identification of crucial targets for infection is used to develop antiviral compounds.

Some links to related publications of the group:

• Cuesta-Geijo et al, 2022. New insights into the role of endosomal proteins for African swine fever virus infection Plos Pathogens 18: e1009784 IF 6.8 https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009784
• Garcia-Dorival et al, 2021. Identification of Niemann-Pick C1 protein as a potential novel SARS-CoV-2 intracellular target. Antiviral Research 194: 105167-77 IF 10  https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105167
• Lasala et al, 2021. Identification of putative inhibitors of protein- protein interaction useful to fight against Ebola and other highly pathogenic viruses Antiviral Research 186: 105011-5 IF 10. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105011
• Morales- Tenorio et al, 2021. Potential pharmacological strategies targeting the Niemann-Pick C1 receptor and Ebola virus glycoprotein interaction. European Journal of Medicinal Chemistry 223: 113654-113666. IF 6.51
• Barrado-Gil et al, 2021. African swine fever virus ubiquitin-conjugating enzyme is an immunomodulator targeting NF-κB activation Viruses13, 1160 IF 5.08 https://doi.org/10.3390/v13061160
• Galindo et al, 2021. Identification of putative inhibitors of protein- protein interaction useful to fight against Ebola and other highly pathogenic viruses. Antiviral Research 186: 104990 IF 10 https://doi.org/ 10.1016/j.antiviral.2020.104990

Requisites

• A degree in Biochemistry, Biology, Biotechnology, Chemistry, and other health sciences Pharmacy, Veterinary, Medicine, etc.
• A master in biomedical sciences, graduated or ongoing.
• Laboratory experience in molecular biology, virology, cell culture, etc. will be assets.
• High level of English (conversational and written).

The call for applicants will open from January 12-26, 2023.

Send CV, academic degrees or equivalent, referee names, motivation letter, etc.

Applicants contact urgently with the group Director, Covadonga Alonso at calonso@inia.csic.es